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發布者:gaoyun發布時間:2021-02-18浏覽次數:3422

217日,黃路生院士團隊在《Nature Communications 》發表重大科研成果,提供了目前爲止規模最爲宏大的豬腸道微生物基因集和基于宏基因組組裝的微生物基因組。黃路生院士及學校首席教授陳從英作爲共同通訊作者、2018級博士研究生周雲燕爲共同第一作者、江西農業大學爲唯一通訊作者單位,發表題爲Expanded catalog of microbial genes and metagenome-assembled genomes from the pig gut microbiome的研究論文,該研究通過使用廣泛來源的豬腸道菌群樣本,通過深度宏基因組測序,構建了整合的豬腸道微生物基因目錄(PIGC),其中包含來自787個腸道元基因組的17,237,052個完整基因,它們以90%的蛋白质同一性聚类, 其中28%是未知蛋白質。 

黃路生院士團隊使用分箱分析,構建了6339個基于宏基因組組裝的微生物基因組(MAG),它們被聚集成2673個物種級別的基因組倉(SGB),其中超過86%(2309)在當前數據庫中沒有可用的基因組序列(未知SGBuSGB)。使用構建的PIGCMAG,該研究比較了野豬和高度商業化杜洛克豬腸道微生物組之間的差異。發現兩者之間腸道菌群組成差異顯著,爲從腸道菌群角度分析野豬抗逆性和商業豬種高生長速度、高飼料利用提供初步參考數據。同時,PIGCMAG爲豬腸道微生物組相關研究提供了擴展的資源。

家豬提供了人類食用的大部分肉,同時還是生物醫學研究的動物模型。豬的胃腸道中有數萬億細菌,它們在宿主的新陳代謝、免疫甚至行爲中起著至關重要的作用。在腸道菌群與豬重要經濟性狀的因果關系研究中依賴于微生物基因組的可用注釋信息。在目前的數據庫中,只有部分微生物的基因組及相關功能基因的注釋信息。參考基因以及高質量的微生物基因組是了解特定微生物的功能作用並量化其在腸道微生物組中的豐度的必不可少的資源。但是,約40–50%的腸道微生物缺乏參考基因組。

與易受偏倚,敏感性低以及腸道微生物組缺乏功能性信息的16S rRNA基因測序相比,宏基因組測序可用于推斷微生物群落的生物學功能,並已逐漸用于基于宏基因組關聯分析挖掘腸道微生物組與宿主表型之間關聯的相關研究中。但使用目前常用的組裝方法進行宏基因組測序數據分析時,可能會産生錯配和嵌合重疊群,並將明顯的偏倚引入結果。因此,迫切需要完整的微生物基因目錄和參考基因組序列信息來研究腸道微生物組。

在這項工作中,黃路生院士及學校首席教授陳從英帶領團隊通過對來自不同年齡、性別、品種、地理區域、不同腸道部位和野豬來源的500個樣本,進行深度宏基因組測序,並整合了現有的豬腸道菌群基因組,構建了一個目前爲止較爲完整的豬腸道微生物基因目錄和基于宏基因組組裝的基因組。尤其是野豬腸道菌群樣品以及空腸、回腸和盲腸內容物樣品的使用,增強了PIGCMAG的廣泛代表性。

作爲構建的豬腸道微生物基因集和MAG使用的範例,該研究還比較了野豬和高度商業化杜洛克兩種代表了截然不同的飼養條件下豬腸道微生物組。PIGCMAG爲豬腸道微生物組相關研究提供了重要的資源。


https://www.nature.com/articles/s41467-021-21295-0


报道:宣传部  审核:肖石军